测序测错了，用的不是你的模板；
你送的样本和你想要的目的基因序列是不一致的。
你可以把测序得到的目的序列 blast一下，如果是载体序列而且和你所用的时候一致的，基本是你自己的问题。如果是非你常用载体序列，或者是其他模式生物的基因序列，那就是测序公司弄错了。你重新制备样品让他们重新测序
