新修改的《行政诉讼法》直接涉及行政合同(行政协议)的条款有:第12条11项“认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的;”第60条1款“人民法院审理行政案件,不适用调解。但是,行政赔偿、补偿以及行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件可以调解。”和第78条“被告不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除本法第十二条第一款第十一项规定的协议的,人民法院判决被告承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等责任。被告变更、解除本法第十二条第一款第十一项规定的协议合法,但未依法给予补偿的,人民法院判决给予补偿。”
这三条规定结束了以往立法上有无“行政合同”的争论,但却为今后行政合同制度的设计和发展埋下了更多的争议伏笔。例如,新《行政诉讼法》第12条11项的规定,明确了相对人可以依据行政合同提起行政诉讼,那么行政机关对相对人不履行行政合同应当如何救济?行政合同是否仅限于第12条11项规定的“政府特许经营协议、土地房屋征收补偿类”行政合同?如果还有,那么依据什么标准判定行政合同的范围?以往司法实践中按民事合同审理的案件,今后有无按行政合同审理的可能和必要?(例如《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》关于“土地使用权出让合同纠纷”的规定)。可以说,新《行政诉讼法》出台,并未终止有关行政合同的争议,相反相关争议更趋具体化、白热化。