A、强烈的核辐射会损伤细胞的DNA,引起基因突变或染色体缺失等结构变异,A正确;B、DNA分子中基因片段中碱基对的增添和缺失属于基因突变,同源染色体的非姐妹染色单体的交叉互换会导致基因重组,如果交叉互换的部分含有相同的基因,则没有发生基因重组,B错误;C、生物的性状是遗传物质与环境共同作用的结果,所以性状发生改变,控制相关性状的基因可能未发生改变,C正确;D、基因突变是分子水平的变异,能产生新的等位基因,可能使种群的基因频率发生改变,D正确.故选:B.