①噬菌体是病毒，既不是真核也不是原核生物，①正确；②颤藻是一种蓝藻，属于原核生物，②正确；③酵母菌是真菌，属于真核生物，③错误；④发菜属于原核生物，④正确；⑤HIV是病毒，既不是真核也不是原核生物，⑤正确；⑥变形虫是原生动物，属于真核生物，⑥错误．故选：A．
