在生物学中，mRNA是由ACGU组成的序列，而cDNA是指通过反转录酶获得DNA序列，其组成为ACGT。两者除了序列组成不同外，一个是正义链（5'-3'),一个是反义链（3'-5')。
根据约定，所有的序列都是按照5'-3'的方向书写，所以cDNA序列应该是mRNA序列的互补，翻转序列，也就是Reverse Complement。
如果你用“Reverse Complement of Sequence”在google上搜，可以找到很多在线工具。如果不是大量分析就不要动用Bioeditor了。^_^
http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html
至于对位排列，就是经典的clustalw/x程序吧！
Primer Premier或者Vector NTI。
跟什么比对？？
如果是用blast或clustar
根本就不需要转嘛。
bioedit吧，这软件小，功能强大。sequencher也好点，不过是收费的，很难搞到。简单的比对用primer就够了也有这功能，要不就dnaman。
推荐bioedit。
不过你要比对什么呢？
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