两者的主要区别：
1、农业家庭户口，是指户籍制度改革之前的户口性质分类，包括：农业家庭户口、非农业家庭户口、非农业集体户口等；
2、居民家庭户口，是指户籍制度改革后，户口不再区分“农业户口”、“非农业户口”的性质分居，统一登记为“居民户口”了（如：河北省等）。
《中华人民共和国户口登记条例》的规定：
第四条户口登记机关应当设立户口登记簿。
城市、水上和设有公安派出所的镇，应当每户发给一本户口簿。
农村以合作社为单位发给户口簿；合作社以外的户口不发给户口簿。
户口登记簿和户口簿登记的事项，具有证明公民身份的效力。
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