我单位给对方开的发票已作废,但对方已认证,怎么办?

作废的发票应该退回给你们的。既然你们给对方又重新开具了发票，对方应该将先前的发票归回给你们的。可能是对方嫌麻烦，不愿意做进项税转出处理，这就需要你们好好与对方协商了。

必须退还，作废发票的程序应该是先收回发票的所有联次，然后再点击作废并在发票上加盖作废印章，对方留着发票联其实并没有用处，而且这会造成你们违规，被税务查到你们麻烦很大的。

这种情况一般处理：
先通知购货方作进项税额转出处理。

问题中的这种情况属于将电子发票进行了作废，而纸质发票交给了购货方，并且购货方通过了认证进行了进项税额抵扣。在增值税稽核系统属于作废发票，那么在次月的19号经过国家税务总局进行比对以后，系统会提示发票为作废发票，抵扣凭证审核系统会通知购货方主管税务机关进行协查，购货方主管税务机关会通知购货方作进项税额转出处理，并将协查结果回复给开票方主管税务机关。而对于销货方来说，因为发票已经作废，在本月肯定没有进行作销售处理，那么，在这个月可以重新再开正确发票,购货方接到重开发票按照正常程序重新抵扣。

出现这类情况，购货方发票联、抵扣联不得退回给销货方。

不是别人说了算的，具体问题具体分析，问自己的专管员吧，他承认了才行。