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1、你父亲向大股东借款，无论用途如何，是个人之见的债务纠纷，不属于合伙公司的公司债务，这45万需要你父亲偿还给大股东。
2、公司亏损，如果是有限责任公司，股东仅在出资范围内对公司债务承担责任，每个股东按股份比例承担相应比例债务。如果公司无力偿还，且不再经营的话，可以进行破产清算程序。
3、通俗一点说就是，总出资额800万，假定公司会计账目资产800万，如果负债也是800万的话，那么你父亲的45万就全都亏没有了。如果亏损1000万，你父亲也只承担这45万的责任。如果不到800万的，你父亲的45万在破产清算后应该还有剩余才对
4、总而言之，亏损的钱是找不到你父亲还的。只还个人欠大股东的45万。
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