js是静态文件，jsp是动态文件，两个都可以用来保存复用函数。
我明白楼主的意思，将某些javascript过程封装成函数放在单独的文件里可以提高复用，事实上我们在项目开发中的确有两种选择，就像楼主所说的一种是放在js文件，而另一种是放在jsp文件里。
一般来说，放在jsp文件里可以获得比较好的灵活另，例如实现国际化，将js写在jsp文件里然后配合struts的标签是很容易实现的，但是这在js文件里就很难做到。
但是js文件也有一个有点，就是可以让客户端缓存，比如说，一个网站可能有很多个页面需要引用某个js函数，如果这个函数放在jsp文件，然后在每个页面都include它，那么每次页面加载时都将重复下载这部分代码；但是，如果放在js文件的话，那么客户端在第一次引用该函数时下载js文件，在后面的使用中发现路径相同就直接引用本地缓存的js文件。因为它是静态文件所以能够缓存。
总结一下，放在js文件可以降低网络传输量，所以，如果不是为了必须的灵活性，应该尽量使用js文件来保存javascript代码。
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