新疆省自清朝建省后便设立了在陕甘总督、甘肃新疆巡抚与伊犁将军共治的构架。自中华民国1912年建立后，新疆省在北洋政府时期（1912-1928年）由都督（之后又陆续改称为将军、督军等）统辖。
1928年（民国十七年）起，中华民国设立新疆省政府并任命主席。
盛世才时期先后成立了一些县及设治局，而未报内政部备案。1944年（民国卅三年）盛世才下台后。国民政府接管新疆后，盛世才统治时期在新疆增设、裁撤、升格及更名的20余个县及设治局即产生非法问题。为此，新疆省政府以“僻处边陲，交通不便，民族复杂，情形特殊”为由上报国民政府内政部。
1949年新疆和平解放后，原新疆省政府于同年12月17日被新成立的新疆省人民政府取代。1955年10月1日新疆维吾尔自治区成立，随之成立新疆维吾尔自治区人民委员会。
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