A：光学显微镜下看到的细胞结构称为显微结构；电子显微镜下看到的细胞结构称为亚显微结构，在高倍光学显微境下看到的细胞放大倍数增大了，但是仍然是显微结构，A错误；
B、叶绿体的类囊体薄膜上合成的ATP仅供给光合作用暗反应过程中用于三碳化合物的还原，细胞核需要的ATP由细胞呼吸提供，B错误；
C、核糖体是细胞内蛋白质的合成场所，由蛋白质和rRNA组成，C错误；
D、只有植物绿色部位才可能有叶绿体，根尖所有细胞都是没有叶绿体的；根尖分生区细胞不断的进行有丝分裂，没有大液泡，只有成熟的植物细胞才有大液泡，如植物根尖成熟区细胞；植物根尖有丝分裂过程需要的大量的能量由线粒体提供；植物根尖有丝分裂末期细胞壁的形成需要高尔基体的参与，D正确．
故选：D．
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