第一，如果货物损失占总货物的比重较大，客户有权拒绝签收，有权解除购货合同，并要求你公司赔偿损失。客户也有权要求你公司继续履行合同，重新发货，并赔偿迟延履行所造成的损失，以及由此增加的成本。如果货物损失占总货物的比重不超过20％，除非货物是不可分割的一个整体，那么客户应当不享有解除合同的权利，但是可以要求你公司继续履行并承担由此增加的成本。
第二，你公司对客户承担赔偿责任后，你公司有权向配货公司追偿。
第三，配货公司与物流公司之间，也是这样，配货公司在向你公司承担赔偿责任后，有权向物流公司追偿。
本案存在三个法律关系。其一，你公司和客户之间的买卖合同关系。其二，你公司和配货公司的配货合同关系。其三，配货公司和物流公司之间的运输合同关系。基于合同的相对性，任何一方违约，守约方均应当向该合同关系的违约方要求赔偿责任。故此，有以上三种法律责任。合同责任不讨论是否具有过错，只要一方没有完成合同义务，除非不可抗力等法定因素，均属于违约。
1、“依据法律相关条款，该如何处理？”：
（1）你说的“我公司的配货协议书”中“我公司”是什么公司？你是物流公司的始发配货人？
（2）如果是，这损失应由你公司根据你公司与其他物流中的中转公司（郑州或是三门峡物流公司）的合作合同来承担责任：在哪个公司负责的路段发现破损的就由哪个路段的物流公司负责赔偿，各中转公司以接收单和中转单中的记载信息来证明自己没有过错，证明不了的就承担连带赔偿责任。
2、发货客户的损失则应由与客户签定运输合同的公司承担赔偿责任：签定运输合同的物流公司在赔偿后可以依据与其他物流公司的合作合同，依据1、中所说办法确定过错方并向过错方追偿。
收货人应向发货人请求承担违约责任。
3、相关法律依据是：
（1）《合同法》基本原理中的合同相对性原则：因履行合同而产生的损失，应由合同相对方追究违约责任、而不能向合同以外的第三人追偿。本例中，收货人就不能直接向物流公司追偿损失、只能向发货人请求赔偿；发货人可以再向与之签定合同的物流公司追偿；物流公司可以在赔偿后向与之签定合作合同的其他中转物流公司追偿。
（2）《合同法》第107条：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”
（3）第三百一十一条 ：“承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担损害赔偿责任，但承运人证明货物的毁损、灭失是因不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，不承担损害赔偿责任”
（4）第三百一十二条 ：“货物的毁损、灭失的赔偿额，当事人有约定的，按照其约定；没有约定或者约定不明确，依照本法第六十一条的规定仍不能确定的，按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。法律、行政法规对赔偿额的计算方法和赔偿限额另有规定的，依照其规定。 ”
（5）第三百一十三条 ：“两个以上承运人以同一运输方式联运的，与托运人订立合同的承运人应当对全程运输承担责任。损失发生在某一运输区段的，与托运人订立合同的承运人和该区段的承运人承担连带责任。”
这种事情很常见，但是索赔比较负责。
您要证明货物亏损是由于物流公司造成的，也就是说需要证据。您说的不是很清楚，没法具体回答。如有疑问可另行咨询。
仅供参考。
说实话您没有把事情所清楚，导致大家的回答您也不满意，如果有必要您和您认为不错的回答者联系。
我又不知道，你所说的发货公司和物流公司是不是同一家公司，或者说：“是经过几个物流公司的手，才造成货物的亏损，而且配货协议书中是否有对你不利的免责条款”。所以你最好去当地的“法律援助中心”寻求免费的法律援助。
这样的现象多了啊,就算是35000元的货物也没有人给你赔偿了,认了吧.尤其是物流公司了,下次自己把包装搞好点吧
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