首先，配位键不是共价键，是一种特殊的键（事实上，在配合物的晶体场理论，就只考虑粒子间静电作用的理论）。
配位键只用在解释配合物的一些现象的时候，而共价键是解释公价化合物的，两者有本质的不同。配位键是两原子间的电子对授受关系，而共价键是两原子间电子云的重合。不能混为一谈。
氨分子中，N 原子 sp3 杂化，三个 sp3 杂化轨道分别与三个 H 原子形成共价键，另一个轨道里有一对孤对电子。
而按根离子中，N 原子的含有孤对电子的轨道配位给一各 H+ 离子，形成配位键（其实由于配位，铵根中四个 H 是一样的，因此铵根能稳定存在）。
具体内容可参见高中课本选修III，或高校无机化学
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