用硬盘安装你可以参见Ubuntu中文论坛的系统安装板块的置顶帖，是开发人员写的，很牛。
楼上说的gho不推荐，那个基本不可行，因为你只有iso而没有硬盘映射。要制作硬盘映射我感觉相当复杂...
分区的话，40G用39g分两个区，都是etc3格式，9g的挂载点为/ ,其余30g挂载在/usr/home下。那余下的1g格式设置为swap（系统交换区，相当于win的虚拟内存）。如果还想细点，可以用5G挂载在/var
Ubuntu很不错，不过我也没用过三阵列的，我之用了两阵列的就被复杂了，最好建议你下iso刻盘装，刻个cd-rw值！
好运
最简单的方法：在系统里分区。我的电脑里有个磁盘管理工具，在那里可以看到您所有的硬盘，将您要分区的硬盘现有分区全部删除后就可以重新分区了。
要从硬盘安装系统，方法很多，最简单的一种用硬盘安装器。但要有GHO镜像文件。
还有，您的硬盘分别是用什么接口？
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