最早提出“海底峡谷”这个概念是在19世纪末。当时，由于人们掌握的资料很少，海底峡谷这个词常常被用来表示海底各种各样的山谷和狭长的洼地，而实际上，这是不很严谨的名称。近几十年来，海洋地质学家们根据海底峡谷的物理特征，不断探讨它的形成原因。
