因为粤语和普通话的发音体系不一样，所以拼音方法不一样。
首先在声调上普通话分上平、下平、上声、去声四调，而粤语分为平、上、去、入四声，并为阴阳两部，再加一个中入声共九调。标调时不适用汉语拼音的调号，而是直接用数字1、2、3、4、5、6、7、8、9来标调，分别表示对应的调值。比如，1声的调值是55，2声的调值35，3声的调值是33等。
在声母上，粤语没有汉语拼音中的zh,ch,sh,r音（粤语没有翘舌音），又比汉语拼音多了gu,ku,ng音。而其他的声母虽写法相同，但有部分发音却有很大的差别。
韵母的差别就更大了，粤语为双韵母，有韵腹和韵尾。相比汉语拼音要复杂得多。
粤语体系的人学普通话，同样采用汉语拼音。但普通话体系的人学粤语，却鲜有采用粤语拼音，这其中主要原因是粤语拼音未得到普及，粤语地区的人多把粤语作为母语，不需要通过拼音学习。别说拼音，能拼出九个声调的都不多，所以师资较缺乏。其次便是对于普语区的人，粤语拼音也会觉得难学。
但有点可以肯定的是，通过粤语拼音学粤语，发音会比较标准。
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