13天背包在大理、丽江、香格里拉、泸沽湖、腾冲、瑞丽、西双版纳如何安排线路？何时去是最佳月份？

不要去丽江、大理，丽江太商业化了，不好玩了，已经失去了很多东西。如果真想去类似的地方，可以去腾冲的和顺古镇，比丽江好玩。
如果真要玩香格里拉，可以在四月五月左右，或者九月十五号左右到十月五号之间去最好。你可以在昆明的南窑汽车站坐车，可以坐晚上7：30的卧铺车，到香格里拉。第二天早上到香格里拉。到了后，你可以包车到飞来寺，这样方便，可以随时在路上停车看景点，沿路有纳帕海，金沙江第一湾等。如果嫌贵，可以坐车到德钦，在打车到飞来寺，不好的是不能随时看景点。到飞来寺，可以找客栈住下，平时的费用都不高，一个床铺也就二三十元。可以看到梅里雪山。然后可以从飞来寺到明永冰川或雨崩游玩。
从香格里拉玩完，可以去腾冲。在香格里拉车站坐车，先到大理，可以坐晚上的，还是一夜到大理，然后去大理汽车站坐车到腾冲，在腾冲下车后，可以打车到和顺，也就十五元，这是中国第一魅力名镇。可在镇里住下，一般也就三五十一个床位。可以看看镇里面的古镇风情，还不错，还可以看看翡翠。产品不错，价还不高，这是翡翠的集散地。然后如果想去北海湿地，热海，都不贵，可在镇的停车场坐车，两元到县城，在坐车到这些地方。五元到热海。
在腾冲玩了后，在保山坐车到西双版纳，只有晚上6：30的一趟，到第二天中午到西双版纳。可以在当地参加个旅游团，这样省钱。因为像好玩的植物园等地，旅游团的价格有来回车费，门票，还是比自己去便宜了。在曼听公园晚上有勐巴拉那西表演，160元，又玩了，还可以吃可以看。比较划算的。
瑞丽我不知道。无法给你说了。呵呵，抱歉！

最佳时间是四月五月,七八九十四个月是旺季，学生放假十一黄金周什么的，所有物价翻倍。
香格里拉和丽江是没有火车的 云南的火车比较慢 所以有些地方只能做大巴
你选择的这几个地方几乎是云南的几个边角 距离都比较远 所以完全不选择飞机的话 你的时间会有一般浪费在路上
首先 大理 丽江 香格里拉距离较近，你可以先做火车到大理，车票30块钱
大概要七个半小时，从大理到丽江坐客车便宜的有几十块钱的 高快要一百多
到了丽江之后我建议你找其他游客拼车 去玉龙雪山，泸沽湖，虎跳峡等一些景点。之后再从丽江到香格里拉，
从香格里拉一路南下到瑞丽，应该有客车，如果没有的话 就只能飞了
再从瑞丽到西双版纳。
但是我觉得13天时间因该是不够的，主要是因为云南的交通十分不方便，
会在路上耽误很多时间。
我在云南上学所以根据经验和云南本地同学推荐，这些地方比较贵，人也多，
如果有时间的话可以去一下玉溪等一些不大有名的地方。
因为你的问题不够详细 我也不知道你是哪里的人从哪出发，呵呵，回答的不好，但祝你旅途愉快

大理3月月份不错、香格里拉6月份不错、西双版纳4月份不错，丽江除去寒暑假、黄金周这种人流量大的时候都不错，其实最主要的是根据楼主的游玩时间、心情、经济来决定行程安排。
火车到昆明，昆明的南窑客运站有去大理的班车，大理客运总站（建设路21号）最晚班至丽江是19:00，车程3小时，车费50元。昆明去西双版纳坐汽车票价170左右，行驶的时间会长点需要10多个小时。昆明去西双版纳坐汽车票价170左右，行驶的时间会长点需要10多个小时。大理没有去西双不版纳的班车。

如果楼主有进一步的什么疑惑问题可以直接咨询我，好歹丽江的旅游方面我还是蛮懂得，欢迎打扰。