目前市场上实时荧光定量PCR仪一般可分三类。
（1）金属板式实时定量PCR仪：可容纳的样本量大，无需特殊耗材，但温度均一性欠佳，有边缘效应，标准曲线的反应条件难以做到与样品完全一致。
（2）离心式实时定量PCR仪：能保障标准曲线和样品之间反应条件的一致性。但可容纳样品量少，有的需用特殊毛细管作样品管，增加了使用成本。
（3）各孔独立控温的定量PCR仪：各孔独立控温，适合多指标快速检测。但是上样不如传统方法方便，而且需要独特的扁平反应管，使用成本较高。
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