水层与病虫害的发生关系密切。水稻幼苗期间水层较深时，往往导致水稻绵腐病和苗期稻瘟病的发生，稻瘟病的孢子有一部分是借水流动而传播的。稻负泥虫和潜叶蝇也多发生在深水处。许多病害和虫害的发生都与水稻株行间的湿度有关，如稻瘟病，相对湿度在90%以上时适于发病；白叶枯病相对湿度在70%以上时发病较严重；纹枯病在高湿条件下发病加重。害虫如三化螟、稻苞虫、稻飞虱、叶蝉等卵孵化率的高低，为害时间的长短，一般都与温湿度条件有关。而这些条件除了受天气的影响外，主要受灌水的影响。所以，根据气候及其他条件适当调控水层，采取相应的灌溉措施，对减少病虫害的发生和蔓延能起到一定的作用。
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