日本航空公司的附属公司

除日本航空的普通运作外，日航另拥有6间国内航空公司为日航提供接驳服务及往次要航点的短途航班：
· 日本航空快运 (JAL Express, JEX)：次要城市之间的廉价航空服务
· J-AIR航空 (J-AIR)：来往东京、大阪、名古屋的国内喷射机服务
· 日本空中通勤 (Japan Air Commuter, JAC)：西日本的螺旋桨飞机服务
· 日本越洋航空 (Japan Transocean Air, JTA)：琉球群岛的喷射机服务
· 琉球空中通勤 (Ryukyu Air Commuter, RAC)：琉球群岛的的螺旋桨飞机服务
JALUXInc.于1962年成立，是日航一间提供膳食服务的子公司，业务包括“Desky”生产小食、供应日航“BlueSky”餐厅及“JAL-DFS”商店、飞机燃料组件、机内服务及机上免税销售服务。2004年1月，JALUX与JASTrading合并以统一日航集团的物资供应。
JALCargo曾是日本航空货运服务的品牌，为WOW航空联盟成员之一。2006年在国内运载了338,443tkm货物及85,519tkm邮件；国际运载了4,541,293tkm货物及161,690tkm邮件。日航货运已于2010年10月终止服务，所有货机亦已离开日航机队，货物改由客机负责运载。