问哪个好，是指哪方面？
如果说校园环境，厦门大学是中国最漂亮的大学之一。清华北大都不如厦门大学好。
如果说学校综合实力，南京大学是比厦门大学强很多的。南京大学曾经是中国最好的大学，没有之一，原名叫国立中央大学。由于院校拆分，实力减弱，但仍然很强。南京大学也是中国C9院校之一，即中国版的“常春藤”院校，厦门大学不是。厦门大学的一些热门专业还可以，但综合比南京大学弱。
如果说大学地理位置，也是南京大学好。南京地处江浙沪地区，中国经济最富庶地区，临近上海、苏州，南京本身又是省会，就业机会多。厦门地处福建，厦门本身城市很小，福建除了厦门、漳州、泉州，其他城市经济都不是太好；福建又多丘陵地，交通不便。所以多数城市周围都是“山”，望不到很远。
如果说城市教育氛围，也是南京大学好。南京除了南京大学，还有东南大学、河海大学等几所重点大学，城市整体学生素质很高。而厦门只有厦门大学一所重点大学，其他厦门学校无论名气还是实力，几乎无存在感。
南京大学，南京大学全国排名前十以内。厦门大学15到20左右
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