A、不同种类生物的体细胞中化合物不同既不是生物多样性的根本原因，也不是生物多样性 的直接原因，A错误；B、生物多样性的根本原因是核酸的多样性，直接原因是蛋白质多样性，B正确；C、生物多样性的根本原因是核酸的多样性不是蛋白质多样性，直接原因是蛋白质多样性，不是核酸的多样性，C错误；D、体内多糖不同既不是生物多样性的根本原因，也不是生物多样性 的直接原因，D错误．故选：B．
