柑橘酸腐病的防治主要注意采收和储藏两个环节。适时采收能预防发病；在采收、装运及储藏过程中严防果实遭受机械损伤，并注意选择晴天和露水干后采果，储藏前剔除受伤果实。药剂浸果处理方面，进行储藏保鲜配药的水质应保证干净无污染，采用75%抑霉唑2000倍液或45%噻菌灵（特克多）乳剂1000倍液浸果，对酸腐病有一定的效果；多菌灵、苯菌灵（苯来特）对柑橘酸腐病无效。另外，生长期间应积极防治吸果夜蛾类、角肩蝽等害虫的为害，减少伤口。也可同时参照柑橘青霉病与绿霉病的防治方法，并及时清除烂果与流出的汁液。
一是果实采收一定要防止伤口；应该选择好天气来进行采收，采收后阴凉处透风4～6天，再进行入库；储藏果单果包装；发现烂果实时深埋或烧毁，防止反复侵染。二是采收后，可选择这几种药剂来浸果：咪鲜胺；咪鲜胺锰盐；噻菌灵，或抑霉唑。三是仓库消毒：用硫磺粉5～10g/m3熏蒸或福尔马林40倍液30～50ml/m3喷雾消毒仓库，密闭3～4天，透风透气后方可入库。
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