真菌类药物广泛，通常所说的药用真菌多限于在生长发育的一定阶段能够形成个体较大的子实体或菌核结构的高等真菌，其中大部分属于担子菌亚门，少数属于子囊菌亚门，在酵母等其他真菌中也有少数种具药用价值。能产生抗生素的真菌作为药物历史悠久。早在2500年前，中国就已采用酒曲治疗肠胃病。中国东汉初期的《神农本草经》及以后历代本草书内就记载有灵芝，常用的种类有赤芝、紫芝、茯苓、猪苓、雷丸、大秃马勃、紫色秃马勃、冬虫夏草、僵蚕、香菇、木耳以及蝉花等，这些药用真菌都经历了长期的医疗实践，疗效得到了充分的验证，至今仍被广泛地应用。
临床上常用的药用真菌还有银耳、麦角、落叶松蕈、空柄假牛肝菌、大红菇、白乳菇、竹黄和糖谷老等百余种。
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