选择不同的鱼做出来的烤鱼无论在口味还是口感上都会有所不同，并不是所有的鱼都适合做烤鱼的，比如肉质较硬的金鲳鱼、三文鱼就不适合做烤鱼，目前适合做烤鱼的品种常见的有十几种。
草鱼
又叫鲩鱼，是做烤鱼最常用的品种，肉质细嫩弹牙，适合制作麻辣，香辣，豆豉，孜然等烤鱼口味，要注意把鱼鳞清理刮干净。
鲤鱼
又叫鲤子，肉质细嫩绵软，蛋白质极其丰富，适合制作泡椒，香辣，豆豉，麻辣等口味，制作的时候注意把鱼鳞刮干净，注意鲤鱼胆有毒并且有难以去除的苦味，切勿污染鱼肉。
鲶鱼
又叫鲇鱼，肉质软嫩肥美，富含蛋白质和脂肪因此做出来的烤鱼比较香，适合制作酸菜，蒜香，泡椒，山椒等口味，注意在做烤鱼之前先喂养两天以去除泥腥味，同时要注意的是鲶鱼卵有毒不可食用。
清江鱼
又叫钳鱼，肉质细嫩软滑，是肉质最好，无公害，无污染，无激素，富含多种营养，公认淡水鱼之王的品种，制作的时候要注意把血放干净，适合制作鲜辣，葱香，香辣，蒜香等口味的烤鱼。
鮰鱼
又叫长吻鮠，肉质细嫩鲜美，营养丰富，长期作为人们的滋补水产品，适合制作香辣，酸菜，泡椒，咖喱等口味的烤鱼，制作的时候要注意把血放干净。
海鲈鱼
又叫花鲈，口感软嫩Q弹，适合制作香辣，孜然，麻辣，黑椒等口味的烤鱼，制作的时候注意把鱼鳞刮干净。
花鲢鱼
又叫胖头鱼，肉质滑嫩多汁，大多数以鱼头作为烤鱼的主食，适合制作麻辣，香辣，泡椒，鱼香等烤鱼口味，在制作的时候主要把鱼鳞刮干净。
鲫鱼
肉质细嫩绵软，其中2-4月和8-12月的鲫鱼最为肥美，适合制作麻辣，香辣，豆豉，孜然等口味。
湄公鱼
口感油而不腻，跟各种鱼一样，在宰杀湄公鱼的时候注意别把鱼胆划破，以免鱼肉污染，适合制作酸菜，泡椒，葱香，香辣等口味的烤鱼。
生鱼
又叫乌鱼，黑鱼，肉质滑嫩鲜美较紧，营养极其丰富，在广西一带甚至被视为珍贵补品，适合制作麻辣，香辣，豆豉，孜然等口味的烤鱼。
鳜鱼
又叫桂花鱼，肉质细嫩幼滑鲜美，适合制作葱香，酸菜，蒜香，鸡汁菌菇口味的烤鱼。
除了鱼的品种外，鱼的重量也是相当重要，严重影响到口感，如果选料失败的话可以说烤鱼已经失败了一般了，一般做烤鱼的重量最好在1100克-1750克之间。
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