临床上少部分病人符合SLE的诊断标准,抗核抗体(ANA)却持续阴性;此组病人约占全部SLE患者的2%,被称为SLE的一个亚型。其原因可能为无ANA产生;自身抗体被受累组织(如皮肤或肾组织)所结合,或由于它们隐藏在循环免疫复合物中;或因应用肾上腺皮质激素及免疫抑制剂所致;或因病情进入肾病终末期,大量蛋白从尿排出,肾基底膜消耗增加,病人呈低蛋白血症。研究发现ANA阴性SLE患者的发热、体重减轻、关节痛、肌痛、雷诺现象、口腔溃疡、脱发和其他系统损害等非特异损害与ANA阳性SLE患者相比无明显差异;蝶形红斑和光敏感的发生率略高,但无显著差异;手足红斑发生率明显高于ANA阳性SLE患者,皮肤损害是ANA阴性SLE的显著特征。ANA阴性SLE患者血清中抗Ro/SSA抗体发生率较高,许多研究显示抗Ro/SSA抗体与光敏感密切相关,提示间接免疫荧光检测ANA阴性时,抗SSA抗体和抗SSB抗体对SLE和SCLE的诊断具有重要意义。ANA阴性SLE患者血清中的抗dsDNA抗体和抗Sm抗体阳性率较低,可能与ANA阴性SLE患者肾损害和血液系统损害的机率较低和大部分处于静止期有关。总体来说ANA阴性SLE患者系统损害较少,预后较好。