染料分子电离后，有色离子为阳离子即为碱性染料.它一般能溶于水及酒精。通常能电离出Na+或OH-、Cl-等无色的阴离子和有色的阳离子，如龙胆紫、亚甲基蓝、美蓝等。碱性染料的阳离子为有色离子，它可以与细胞中的带负电荷部分牢固地结合。例如：细胞核中的染色质（体）内含有脱氧核糖核酸，属酸性物质，可电离出H+，而使自身带正电荷， 所以它能和碱性染料（如龙胆紫或亚甲基蓝）电离出的有色阳离子通过电荷 间的引力作用牢固结合，从而被染上颜色。
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