也许这是理工科思维,先花专门的时间去定义,之后就不再考虑按定义来做。即兴的做法是难以长期保证高效。你的workflow越是连个机器人都能完成,就越高效。越是要你用模糊智慧去想去回味去条件判断分支,就越低效。 现在我介绍一下我的做法。我的文件夹里最多有两千多篇paper的PDF。我是使用Windows系统和EndNote。 我先简单评价一下我用过的其他文献管理软件:我使用过Zotera、Mendeley、NoteExpress等文献管理软件。我不习惯用Firefox所以是终没有长期使用Zotera,Mendeley的数据库引擎太弱,2000多条记录会死机。NoteExpress界面风格太国产太乡土太腾讯酷狗芊芊静听。 此外,Zotera和Mendeley的citation style要用一个通用语言来手动编写,又不提供编写器。 不过,Zotera和Mendeley是免费的软件,因此在国外很多人只在这两者之中选,并且不乏溢美之辞。 关于PDF识别和自动导入:我觉得这一功能本身就完善不了,因为它的对象缺乏严格定义。假如我的PDF文件是一本书,它能识别导入一条Book或Book Chapter类型的记录吗?用户如果误把一个完全另因的PDF文件交给它去识别,难道它还能弹出提示框说“这不是一篇journal article”并停止导入吗?也就是说,这一功能是要靠用户小心使用去配合的。而且世上也没有严格定义说journal article的PDF文件就该长什么样。在这个没有形成标准之前,PDF识别导入的功能就注完无法摆脱上述的尴尬。因此我到现在从未依赖过这一功能,也不评价。 在网上新看到的paper,我会先决定这是要收藏还是看过就算。凡是要收藏的,我都不光下载PDF,而是连同导出citation一起做。这是固定组合动作。所以我有一个pdf文件,EndNote里必然对应着一个文献记录。当然,假如有不对的,也可以事后发现和补上的,但这种情况不能太多导致你自己都不相信自己。 为什么我不在文献管理软件自带的PDF阅读框(器)中阅读论文?我认为世界上功能最完善的PDF阅读器就是台式机系统上安装的Adobe Acrobat Professional。有一个功能是我找过的任何其他PDF reader所不具备的(Adobe Reader除外):把同一文件的一个窗口split成上下两半。这样,我上面一半是看正文,下面一半移到文末参考文献的列表,就不会因为临时要翻bibliography而打自正文的阅读思路。 Mendeley和EndNote都有内嵌PDF原文的功能,Mendeley甚至提倡用户直接就在Mendeley里面看PDF文件了,而且网上发现国外有很多使用者觉得这样很好。但是,它不能:画各种颜色各种线型的框、圈、箭头;不能画各种线型的下划线删除线;不能把影印版的PDF文件OCR成一行行的文字以供我使用下划线;不能添加comment。不能进行给PDF添加页面(为什么要添加页?因为有的paper另外有supporting information,我的习惯是把supporting information加到原paper的PDF末尾,以后就不用麻烦了)。 文献阅读器假如没有Adobe或Microsoft这种做巨无霸的suites的决心和能力的话,我觉得不应该往PDF阅读器方向发展,否则只能做出一个鸡肋。 PDF文件的命名:虽说这个完全看个人习惯,但我可以为我的习惯硬找出一些理由来。 不管怎么命名,文件名过长是不好的。因为,在Windows Explorer里面,我习惯使用Details视图。我常用的column除了Name之外还有Date Modified、Type和Size。我经常变换以Name排序和以Date Modified排序,偶尔会以Type排序因为有时我的文件夹里会有少量MS Word文件和压缩文件。因此,如果文件名太长,要么Name的宽度就会很长把其他column推到屏幕外边去你得把scroll bar移过去才看到,要么就是Name的宽定不足以显示整个文件名你搞那么长也搞不全。 选择能够唯一标识一篇paper的最少信息组合来做文件名。我的做法是期刊名缩写+卷号+首页。其他信息都是多余的。例如: 我不需要看到文件名就大概知道这篇文章讲什么。因为我文件夹里每一个PDF在EndNote里都有记录。我在EndNote里浏览标题,遇到想看全文的,根据记录的期刊名、卷号和首页,就自然能在文件夹里找到相应的pdf文件。就算有两千多个文件,按Name排序,也能很快找到。有时你上网看到一篇相关的,你都不知道自己是否已经有了。这时通过EndNote就能很快查出来,在EndNote里我有两种排序方式。第一种是按Journal Name、Year、Volume、Page的次序,第二种就是把Journal Name和Year调一下,其他不变。按期刊排有利于检查一篇paper你是否已经有了,因为唯一标识这篇paper的最少信息组合首先就是Journal Name。按年份排则有利于写综述之前的文献阅读,方便你撰写研究历史。
许理工科思维先花专门间定义再考虑按定义做即兴做难期保证高效workflow越连机器都能完越高效越要用模糊智慧想味条件判断支越低效
现我介绍我做我文件夹两千篇paperPDF我使用Windows系统EndNote
我先简单评价我用其文献管理软件:我使用Zotera、Mendeley、NoteExpress等文献管理软件我习惯用Firefox所终没期使用ZoteraMendeley数据库引擎太弱2000条记录死机NoteExpress界面风格太产太乡土太腾讯酷狗芊芊静听
外ZoteraMendeleycitation
style要用通用语言手编写提供编写器
ZoteraMendeley免费软件外两者选并且乏溢美辞
关于PDF识别自导入:我觉功能本身完善象缺乏严格定义假我PDF文件本书能识别导入条Book或Book
Chapter类型记录用户误完全另PDF文件交给识别难道能弹提示框说篇journal
article并停止导入说功能要靠用户使用配合且世没严格定义说journal
articlePDF文件该没形标准前PDF识别导入功能注完摆脱述尴尬我现未依赖功能评价
网新看paper我先决定要收藏看算凡要收藏我都光载PDF连同导citation起做固定组合作所我pdf文件EndNote必应着文献记录假事发现补种情况能太导致自都相信自
我文献管理软件自带PDF阅读框(器)阅读论文我认世界功能完善PDF阅读器台式机系统安装Adobe
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reader所具备(Adobe
Reader除外):同文件窗口split两半我面半看文面半移文末参考文献列表临要翻bibliography打自文阅读思路
MendeleyEndNote都内嵌PDF原文功能Mendeley甚至提倡用户直接Mendeley面看PDF文件且网发现外使用者觉能:画各种颜色各种线型框、圈、箭;能画各种线型划线删除线;能影印版PDF文件OCR行行文字供我使用划线;能添加comment能进行给PDF添加页面(要添加页paper另外supporting
information我习惯supporting
information加原paperPDF末尾用麻烦)
文献阅读器假没Adobe或Microsoft种做巨霸suites决能力我觉应该往PDF阅读器向发展否则能做鸡肋
PDF文件命名:虽说完全看习惯我我习惯硬找些理由
管命名文件名Windows
Explorer面我习惯使用Details视图我用column除Name外Date
Modified、TypeSize我经变换Name排序Date
Modified排序偶尔Type排序我文件夹少量MS
Word文件压缩文件文件名太要Name宽度其column推屏幕外边scroll
bar移才看要Name宽定足显示整文件名搞搞全
选择能够唯标识篇paper少信息组合做文件名我做期刊名缩写+卷号+首页其信息都余例:
我需要看文件名概知道篇文章讲我文件夹每PDFEndNote都记录我EndNote浏览标题遇想看全文根据记录期刊名、卷号首页自能文件夹找相应pdf文件算两千文件按Name排序能快找网看篇相关都知道自否已经通EndNote能快查EndNote我两种排序式第种按Journal
Name、Year、Volume、Page序第二种Journal
NameYear调其变按期刊排利于检查篇paper否已经唯标识篇paper少信息组合首先Journal
Name按份排则利于写综述前文献阅读便撰写研究历史