电子政务系统与办公自动化系统的不同之处主要在于：一是应用定位不同。电子政务系统侧重于政府内部部门之间（如部委内各厅、司、局）、跨部门（如国务院办公厅与各部委、科技部与其他部委）以及政府部门与企业或个人之间的应用。办公自动化则侧重于一个政府部门内部（如某个机关内部）或一个系统内部。二是系统用户范围不同。办公自动化系统的用户一般是政府部门的内部用户，他们按照事先规定好的权限，完成不同的信息处理过程。电子政务系统的用户群主要是政府部门以外的用户,如其他部门、企业和广大公众。电子政务系统与办公自动化系统的联系：办公自动化系统是电子政务系统的一个重要组成部分。
电子政务的运作模式上和自动化的运作模式有本质区别。
从某中意义上讲电子政务包括办公自动化。
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