原核基因表达调控主要发生在转录水平上，根据调控机制不同可分为：①负控诱导系统：阻遏蛋白与效应物结合而不结合与操纵基因上，使得结构基因得以转录；②负控阻遏系统：阻遏蛋白与效应物结合后结合于操纵基因上，使得结构基因不能转录。③正控诱导系统：效应物使激活蛋白处于活性状态促进结构基因转录；④正控阻遏系统：效应物使激活蛋白处于非活性状态而阻遏了结构基因转录。
●正控诱导：无活性激活蛋白与效应物结合变成有活性的激活蛋白开启基因表达。
●负控诱导：有活性阻遏蛋白与效应物结合变成无活性的阻遏蛋白开启基因表达。
●正控阻遏：无活性激活蛋白与效应物不结合关闭基因表达。
●负控阻遏：无活性阻遏蛋白与效应物结合变成有活性的阻遏蛋白关闭基因表达。
染色体到DNA的表观遗传学调控
DNA到mRNA前体的转录调控
mRNA前体到mRNA的调控
mRNA到蛋白的翻译调控
蛋白自身的活性调控
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