根据《种子法》第46条的规定， 种子使用者因种子质量问题或者因种子的标签和使用说明标注的内容不真实，遭受损失的，种子使用者可以向出售种子的经营者要求赔偿，也可以向种子生产者或者其他经营者要求赔偿。赔偿额包括购种价款、可得利益损失和其他损失。属于种子生产者或者其他经营者责任的，出售种子的经营者赔偿后，有权向种子生产者或者其他经营者追偿；属于出售种子的经营者责任的，种子生产者或者其他经营者赔偿后，有权向出售种子的经营者追偿。
种子纠纷产生的原因一般是有经济损失发生，争议的焦点在于是否应当承担损失责任，由谁来承担责任及承担损失责任的大小界定等。正确处理种子纠纷必须要明确造成损失的原因以及争执双方的权利、义务和责任。在此基础上，种子生产者、经营者与使用者可以通过协商和解、请求第三方调解、向有关行政部门投诉、提请仲裁机构仲裁、向各级人民法院提起诉讼等五种方式进行解决。
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