A、自然条件下，基因重组发生在减数分裂过程中，A错误；B、基因重组是控制不同性状的基因的重新组合，进而形成新的基因型，B正确；C、杂交育种的过程是杂交→自交→选育→自交，原理是基因重组，C正确；D、基因工程是将异种生物的基因导入生物体内，原理是基因重组，D正确．故选：A．
