名侦探柯南：阿笠博士的真面目

您好，很高兴回答您的问题^_^
这只是网友自己所创造的同人结局，我还看到有的结局中黑衣组织的boss是日本首相呢！这都是假的结局，真的结局谁都不知道！
下面是阿笠博士不是boss的证据
有人认为阿笠博士是组织Boss，理由有很多：阿笠博士的名字拆开是“阿竹立”，倒过来后日文发音和“莫利亚帝”（《福尔摩斯》中的人物）相同；而且博士是发明家，APTX4869是灵感爆发；另外柯南每次和黑衣组织对决无功而返，是因为博士根据他的计划给Gin下指示……
但事实并非如此。网上流传较广的“阿笠Boss说”均来源于假结局（如《阿笠博士的真相》）以及读者的想象，绝非来自官方。青山刚昌也从未爆料Boss身份。
其中最广为人知的证据就是：“阿笠”按中文拆成“阿竹立”后用罗马拼音拼出来后再倒过来读，就是拉丁文中的“莫利亚帝”，也就是《福尔摩斯》中罪恶的教授。但实际上，这个流传很广的说法是完全错误的，懂日语的人都知道“阿竹立”无论怎么拼都和“莫利亚帝”没有任何联系！“阿竹立（あたけたて）罗马音是“ataketate”，倒过来就是“etatekata”。而“莫利亚帝”的拉丁文是“Moriarty”（和其英语相同）。所以“阿笠博士 = 莫利亚帝”纯属谣言。
青山创作的人物性格变化较明显的有两个，由悲哀变得开朗的灰原哀以及由冷血变得有韧性的贝尔摩德，都是向好的方面发展。所以博士来个大变脸是不可能的。更何况，一个整天带着孩子们去山上去海边去森林露营，一个爱给孩子们讲冷笑话，一个设计暗号让孩子们寻找宝藏为博他们一笑，一个为了带孩子们去滑雪连夜苦练导致重感冒，一个和孩子们连跑带跳，一个在孩子们身上的炸弹即将爆炸时坚持和他们在一起，一个如此慈祥的好爷爷，怎么可能是Boss！最重要的一点是你们见过几个Boss发现不了自己的初恋对象。而且《名侦探柯南》虽然布满杀人事件，但整体是积极向上的，存在很多人世间的真理，一个喜欢小孩子的老顽童居然是黑帮老大，会让读者善恶不分。
阿笠博士
并且官方也已经否认阿笠是Boss（见于2011年10月28日更新的《少年Sunday》官方博客），作者青山刚昌在2013年1月3日的粉丝见面会上也明确表示阿笠博士不是Boss。所以“阿笠博士是幕后Boss”是彻头彻尾的谣言。
希望能帮助您$_$

不会。73在某次采访中已经明确表示“阿笠博士不是黑衣组织boss”“boss已以全名的形式出现在动漫中过”

好像是假的。

你的想象力可真丰富，不过这也并不是不可能的啦。还要看到最后才知道