首先，发票按正常开具，应支付工程款=发票金额（结算总额）-代扣的税金；其次关于甲方的处理，按发票金额正常处理，代扣税金记入应交税费即可。
税金如果是必须代缴，最好是不开发票；开具发票，税金当然是企业自己缴纳。如果是税金必须代缴，又需要开具发票，建议由你企业申报税款，代缴单位支付税款。
个人理解：应该是你单位直接交纳，乙方就不做账了，也不需要发票．详细的请问税务专管员为准
