为了维护皇帝的尊言，宫中对于同治患梅毒之事多方掩饰，只说是出天花。一天，同治的皇后去养心殿探病，并向他诉说慈禧太后又为细微小事责骂她，还失声哭泣起来。慈禧本来就不喜欢这个儿媳妇，并设下了监视的耳目。这天，慈禧听说皇后去探视皇帝，便亲自到养心殿东暖阁外偷听他俩的谈话。她听到皇后在诉说她的不是，就怒气冲冲地闯了进去，一把抓住皇后的头发，举手就打，并且叫内廷太监准备棍杖，要严厉责罚皇后。同治见状，被吓得昏厥了过去，慈禧这才没有对皇后用刑。同治的病势却从此越来越重，于同治十三年十二月初五（1875年1月12日）死于养心殿东暖阁。
民间对于同治皇帝死因有种种说法，清朝官方则保持沉默，不予申辩。因此，同治到底是死于什么病，成了一个历史疑案。
主同治死于天花梅毒说。也主要是根据历史档案与文献资料推断。御医诊断同治的症状是：湿毒乘虚流聚，腰间红肿溃破，漫流脓水，腿痛盘挛，头颈、胳膊、膝上发出痘痈肿痛。这种看法是：同治或先患天花未愈而又染上梅毒，或先患梅毒而又染上天花，两种疾病并发，医治无效而死。
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