清洗珊瑚有以下两种较普通的方法：
漂白粉水溶液清洗：在4.5升水中加入两杯漂白粉调配成漂白粉水溶液，将珊瑚在漂白粉水溶液中浸泡消毒1周，然后改用清洁水再浸泡1周，以去除珊瑚上吸附遗留的漂白粉味道。在清洗多次后，若漂白粉异味还不能彻底去除，可以用流动的清洁水冲洗珊瑚，直到无异味为止。
煮沸、曝晒杀菌：对于小片的珊瑚，可以放人清洁水中加温煮沸，大约1小时后取出，用自来水整个冲洗一遍，以去除表面的杂质和碎屑，然后在清洁水中浸泡10～12小时，再用水冲洗1次，最后将珊瑚放在太阳下曝晒、杀菌。
在清洗珊瑚的过程中，需要注意以下事项：
第一，由于有些珊瑚带刺，拿取时最好戴上手套，避免手被刺伤，同时也可免受漂白粉的伤害。
第二，对于残存于珊瑚孔隙中的生物残骸，最便捷的清洗方法就是用强劲的水流在室外直接冲洗，但水流不宜过强，否则极易使珊瑚碎裂。