崇左市地跨北纬21°36`至23°22`,东经106°33`至108°8`之间(地理坐标北纬22°23`东经107°24`)。东北部与南宁市毗邻,北部与百色市相连,东南部与防城港市交接,西部和南部与越南民主共和国接壤。崇左市地质构造古老,多以泥盆纪,二叠纪和三叠纪为地质基层,以石灰岩占优势,页岩、砂岩次之,第四纪酸性赤红壤土层为地表盖层。境内山环岳绕,丘陵起伏,山多地少,地貌复杂多样,以喀斯特岩溶地貌为主体。西部为大青山山脉,南部为公母山山脉和十万大山余脉。地势大致呈西北及西南略高,向东倾斜,中部被左江及支流切割,形成错综合颁的丘陵平原。境内最高峰为南部宁明县与防城港市接壤的十万大山余脉浦龙山(海拔1358米),其次是爱店附近中越边境的公母山(海拔1357.6米)。宁明县有8座山峰海拔千米以上。千米以上的其他山峰有北部的大新县与天等县交界的泗城岭(海拔1073.7米),东北部江州区与隆安县交界的的西大明山(1071.2米),南部龙州县的大青山(1045米)等。境内河流属左江水系。左江干流全长539公里,发源于宁明县与越南交界的枯隆山,上源称奇穷河,流入国内称平而河,在龙州县城与水口河汇合称丽江,与最大支流明江汇合后称左江。左江年平均径流量209亿立方米(扶绥新宁站),流域落差大,流域面积31595平方公里。
崇左市属亚热带湿润季风区,一月平均气温13.8℃,七月平均气温28.1℃,年平均气温20.8℃-22.4℃,无霜期为330天以上,江州区更高达364天,降雨量为1088-1799毫米,降雨量最多的地方是大新县下雷镇,市区及扶绥、宁明两县年平均降雨量在1250毫米以下。春旱灾害较为频繁,八九月份受热带风暴影响易发水灾。崇左日照充足,年日照量1800小时以上,十分有利于发展亚热带作物。