为了有效地管理国家，也为了替子孙万代奠定基业，秦始皇吸取了战国时期设置官职的具体经验，建立了一套相当完整的中央集权制度和政权机构。
中央机构
中央设丞相、太尉、御史大夫。丞相有左右二员，掌政事。太尉掌军事，不常置。御史大夫是丞相的副贰，掌图籍秘书，监察百官。
丞相、太尉、御史大夫以下，是分掌具体政务的诸卿，其中有掌宫殿掖门户的郎中令，掌宫门卫屯兵的卫尉，掌京畿警卫的中尉，掌刑辟的廷尉，掌谷货的治粟内史，掌山海池泽之税和官府手工业制造以供应皇室的少府，掌治宫室的将作少府，掌国内民族事务和外事的典客，掌宗庙礼仪的奉常，掌皇室属籍的宗正，掌舆马的太仆等。丞相、太尉、御史大夫与诸卿议论政务，皇帝作裁决。
在此之外，秦代还有一些比较重要的官职，比如博士—“掌通古今”，即通晓古今史以备皇帝咨询，同时负责图书收藏；典属国—与典客一样主管少数民族事务，不同的是典客掌管与秦友好的少数民族的交往，而典属国则负责已投降秦朝的少数民族；詹事—管理皇后和太子的事务；将作少府—负责宫殿建造。
秦王朝建立的这套中央集权机构的政权机构，以后一直被历代王朝所仿效。其中汉代的“三公九卿”，基本上是照搬秦制。
地方机构
秦始皇统一六国后，采纳李斯的建议，废除分封制，改行郡县制。地方行政机构分郡、县两级。郡县主要官吏由中央任免。
郡设守、尉、监（监御史）。郡守掌治其郡。郡尉辅佐郡守，并典兵事。郡监司监察。秦始皇把全国分成三十六郡，以后又陆续增设至四十一郡。
他们是：
秦地：巴郡，蜀郡，陇西郡，北地郡；
赵地：太原郡，云中郡，邯郸郡，巨鹿郡，雁门郡，代郡，常山郡；
魏地：上郡，河东郡，东郡，砀郡，河内郡；
韩地：三川郡，上党郡，颍川郡；
楚越之地：汉中郡，南郡，黔中郡，南阳郡，陈郡，薛郡，泗水郡，九江郡，会稽郡，长沙郡，衡山郡；
齐地：东海郡，齐郡，琅琊郡，胶东郡，济北郡；
燕地：广阳郡，上谷郡，渔县郡，右北平郡，辽西郡，辽东郡；
南越故地：闽中郡，南海郡，桂林郡，象郡；
匈奴故地：九原郡。
县，万户以上者设令，万户以下者设长。县令、长领有丞、尉及其他属员。县令、长主要管政务，县尉掌握军事，县丞掌管司法。
县以下有乡，其主要职能有四：⒈摊派徭役；⒉征收田赋；⒊查证本乡被告案情；⒋参与对国家仓库粮食的保管工作。乡设三老掌教化，啬夫掌诉讼和赋税，游徼掌治安。
乡下有里，是最基层的行政单位。里有里典，后代称里正、里魁，以“豪帅”即强有力者为之。里中设置严密的什伍户籍组织，以便支派差役，收纳赋税。并规定互相监督告奸，一人犯罪，邻里连坐。此外还有司治安、禁盗贼的专门机构，叫做亭，亭有长。亭除了主要管理治安，还负责接待往来的官吏，掌管为政府输送、采购、传递（文书）等事。两亭之间，相距大约十里。
秦朝设立郡县制作为地方的基本建制，在以后的2000多年里，县级组织相对稳定，县以上地方政权变化多多，先后经历了郡县制（秦汉），州制（魏晋南北朝），道路制（唐宋），行省制（元明清）。地方行政长官的称谓更是复杂多变，本人粗加整理，便于备查。
秦朝（郡县制）
秦统一后，除京师以外，将全国分为36郡，即：陇西、北地、上郡、汉中、蜀郡、巴郡、邯郸、巨鹿、太原、上党、雁门、代郡、云中、河东、东郡、砀郡、三川、颍川、南郡、黔中、南阳、长沙、楚郡、九江、泗水、薛郡、东海、会稽、齐郡、琅邪、广阳、渔阳、上谷、右北平、辽西、辽东；后又增设4郡：南海、桂林、九原和象郡。
京师长官称内史。
郡为地方最高一级政权，各郡设守、尉、监各1人。郡守主管行政及其他事务；郡尉（都尉）主管军事；郡监是中央派出的地方监察机构。
县为国家地方政权的基层组织，主官是县令或县长（“万户以上为令，不及万户为长”），县令以下设有县尉、县丞。县下有乡、里。丞相、御史大夫、太尉是秦朝中央三个最高官职。丞相是皇帝的第一助手，百官之长，协助皇帝处理全国的政务，有左、右二丞相。秦始皇时，王绾、李斯等先后任丞相。御史大夫乃丞相的副手，地位相当于副丞相，负责掌理奏章、下达诏令和监察百官。太尉是秦朝最高军事长官，负责全国军事事务。今天的古籍中没有记载秦始皇曾任命谁任此职，故推断是秦始皇自掌军权。丞相、御史大夫、太尉后世习称“三公”。“三公”之下为“九卿”。这里的“九”并非确数，言其“多”也。“九卿”是指“三公”以下中央政府各职能部门的主要官职。如掌管刑狱、司法的廷尉、掌管钱谷的治粟内史等
中央官制
三公：丞相、太尉、御史大夫
九卿：卫尉（皇宫保卫）、郎中令（警卫）、太仆（宫廷车马）、廷尉（司法）、典客（外交）、奉常（宗庙礼仪）、宗正（皇室内部事务）、少府（山河湖海税收和制造业）、治粟内史（财政税收）
御史大夫：掌图籍章奏，监察、弹劾百官，辅佐丞相处理事务
地方官制
郡：郡守
郡尉
郡监
县：县令
县尉
县丞
乡：三老
游徼
啬夫（小乡）
有秩（大乡）
亭：亭长
里：里正
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