由于长期加班，本人主动辞职，培训协议生效否

据《劳动部办公厅关于试用期内解除劳动合同处理依据问题的复函》的规定，用人单位出资对员工进行各类技术培训，员工提出与单位解除劳动关系的，如果在试用期内，则用人单位不得要求员工支付该项培训费用。
依据用人单位向提前解除劳动合同者索赔培训费，只限于“出资培训”的范围。具体是指下列情形之一：
(一)委托全日制大中专院校、科研院所、培训中心、职业学校代培学生;
(二)出国或异地培训、进修、研修、做访问学者等，其费用包括各种学杂费、往返交通费、置装费和在外期间生活补贴。用人单位需提供的支付凭证，主要指员工培训的学杂费等，一般不包括聘请讲师和添置设备的费用。公司给员工提供的是“企业内训”，如果公司不能提供支付凭证，员工可拒绝赔偿。

据《劳动部办公厅关于试用期内解除劳动合同处理依据问题的复函》的规定，用人单位出资对员工进行各类技术培训，员工提出与单位解除劳动关系的，如果在试用期内，则用人单位不得要求员工支付该项培训费用。
依据用人单位向提前解除劳动合同者索赔培训费，只限于“出资培训”的范围。具体是指下列情形之一：
(一)委托全日制大中专院校、科研院所、培训中心、职业学校代培学生;
(二)出国或异地培训、进修、研修、做访问学者等，其费用包括各种学杂费、往返交通费、置装费和在外期间生活补贴。用人单位需提供的支付凭证，主要指员工培训的学杂费等，一般不包括聘请讲师和添置设备的费用。公司给员工提供的是“企业内训”，如果公司不能提供支付凭证，员工可拒绝赔偿。

公司长期无偿加班导致辞职和你的培训合同是两回事。
首先无偿加班，你有证据的话，可以要求公司按照劳动法支付你的加班费。如果加班费无法和公司协商解决的话就申请劳动仲裁（估计你和公司也协商解决不了，所以不如直接申请仲裁）。
至于辞职关于培训费用的问题。
看你和公司是如何签订的培训协议的，关于违约部分你们双方的责任具体是如何规定的。赔偿的话按照你们的约定进行赔偿即可。
当然如果仅仅只是公司内部培训的话，你是无须赔偿的。

根据《劳动部办公厅关于试用期内解除劳动合同处理依据问题的复函》的规定，用人单位出资对员工进行各类技术培训，员工提出与单位解除劳动关系的，如果在试用期内，则用人单位不得要求员工支付该项培训费用。
　　依据用人单位向提前解除劳动合同者索赔培训费，只限于“出资培训”的范围。具体是指下列情形之一：
　　(一)委托全日制大中专院校、科研院所、培训中心、职业学校代培学生;
　　(二)出国或异地培训、进修、研修、做访问学者等，其费用包括各种学杂费、往返交通费、置装费和在外期间生活补贴。用人单位需提供的支付凭证，主要指员工培训的学杂费等，一般不包括聘请讲师和添置设备的费用。公司给员工提供的是“企业内训”，如果公司不能提供支付凭证，员工可拒绝赔偿。

依据用人单位向提前解除劳动合同者索赔培训费，只限于“出资培训”的范围。具体是指下列情形之一：

(一)委托全日制大中专院校、科研院所、培训中心、职业学校代培学生;

(二)出国或异地培训、进修、研修、做访问学者等，其费用包括各种学杂费、往返交通费、置装费和在外期间生活补贴。用人单位需提供的支付凭证，主要指员工培训的学杂费等，一般不包括聘请讲师和添置设备的费用。公司给员工提供的是“企业内训”，如果公司不能提供支付凭证，员工可拒绝赔偿。