A、培养皿中的大肠杆菌菌落是生命系统的种群层次，A错误；B、细胞学说认为一切动植物都由细胞发育而来，B正确；C、有些有机分子在不同物种中结构相同，如纤维素，C错误；D、HIV为病毒，无细胞结构，无核糖体，D错误．故选：B．
