语言学校和别科只是举办主体不同。别科一般是指日本私立大学举办的日本语教育课程，主要是为本校培养未来生源。两者区别现在不大，对你将来考大学院影响很小。
还有一种形式是学部研究生，很少部分大学将其翻译成【研修生】，属于非正规生，这个一般要求n2水平以上。
无论哪种途径，对你考大学院影响都不大，关键取决于你的实力。
语言学校是争对那些没学过日语或者基础不太好的，你是日语专业毕业的应该直接可以联系导师考研，也有想换专业的话作为研修生先读一年专业方面的知识再考的。总之是先联系学校和导师
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