建议你还是选择CDS区不一样的地方设计引物吧,这样可以避免交叉污染引起的非特异扩增,扩增的序列长度不一定要一样,每个引物你最好设计两三对,然后做一个相对定量看看不同引物的扩增效率,选择比较好的两对引物做后续试验,内参基因的引物不需要跟目的基因的扩增产物一样长,这样你设计引物的时候很受限制,总体产物长度在80-150bp之间都是可以接受的,主要是做相对定量的时候不同引物之间的扩则效率要比较接近,这样才有可比性。
不需要和内参一样,产物也不需要都一样。关键是引物,引物GC含量不要太高,不要有引物二聚体,交叉二聚体,再就是目的片段不要太长,你可以设计好了先做普通PCR看看特异性以及引物二聚体,定量前做个溶解曲线看看,其实没什么,只要引物设计好了就没多大问题