你好，你跟单位是有协议的，你们的协议是双方的真实意思表示，是真实、合法、有效的，因此双方都必须遵守履行。现在，你离职的行为实际上是违约了，单位按照约定来要求你补齐差价并不违法，不过扣留你的档案是没有法律依据的。单位可以起诉并查封你的房子，这样对你更麻烦。建议慎重抉择，诚信履约，或者与单位友好协商，毕竟是你违约在先。
本来单位没权利扣留的，但现在情况是单位有理。找个律师问问吧，这个太专业
