福医大的药学和厦门大学的药学哪一个比较好一点，很是纠结好迷茫求指点....

从总体实力而言，厦门大学明显要远好于福建医科大学。

这个问题你可以参考武书连版本的大学排名，即：《挑大学 选专业 高考志愿填报指南）（中国统计出版社2013年版本），武书连版本的大学排名，是国内目前较为权威、较为得到社会广泛认可的大学排名。在该排名中，厦门大学在全国纳入统计的350所大学之中排行第25名，福建省全省第一名。而福建医科大学则排204名，福建全省第6。

2013年，中国统计出版社武书连大学排行榜，福建高校的排名及其得分如下：
排名 院校 总分 人才培养 科学研究
25 厦门大学 62.87 31.25 31.62
73 福州大学 22.53 12.38 10.16
106 福建师范大学 14.59 8.83 5.76
144 华侨大学 10.85 6.71 4.14
164 福建农林大学 9.70 6.68 3.02
204 福建医科大学 8.06 5.08 2.97
219 集美大学 6.99 5.27 1.72
资料来源：《挑大学 选专业 2013高考志愿填报指南》（中国统计出版社2013年版）
腾讯教育频道： http://edu.qq.com/a/20130409/000218.htm#p=1