应该不是这么回事，个人所得税是实行企业代扣代缴的，企业一般不会只有1、2个人，企业应纳税额应该是所有有人合计数，而不是1个人的应纳税额；就是说1个人的应纳税额可能小于1元，但企业很多员工合计应纳税额一般就不会小于1元的，所以应该是按实申报。如果公司合计应纳税金小于0，那么可以0申报。
希望能帮助到你！
按实际申报，申报后税务系统一般会在后台自动将应纳税额低于1元的进行调整，个人所得税全员申报也是如此
楼上的说错了，代扣代缴个人所得税纳税人是员工个人，是按单人核算的，也就是说单个员工低于1元就免征，你可以去了解一下
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