以前认为是一级结构决定的，但是朊病毒的存在挑战了序列决定结构的说法。影响蛋白质的空间结构的因素有很多：
1 氨基酸序列和二硫键无疑是相当重要的因素。
2 蛋白质的翻译后修饰也会显著影响蛋白质构象，例如很多蛋白（包括著名的G蛋白）是通过磷酸化与否来调节其构象变化，从而调节其功能的。
3 蛋白质折叠过程中是否有分子伴侣辅助折叠也会影响其最终构象。
4 与蛋白结合的底物和配基等能改变其构象。诱导契合理论说的就是底物与蛋白相互作用如何改变蛋白构象，从而使蛋白起到催化剂的功能。
5 蛋白与蛋白之间的相互作用也会改变蛋白构象。例如血红蛋白各亚基之间的协同效应。
6 蛋白质所处的化学环境，如pH，离子强度，亲疏水性，温度等等也能影响蛋白质的空间结构
由基因决定的。
本身的原因有：氨基酸的种类、数量和排列顺序，以及多肽链的空间结构。
氨基酸的排列顺序和肽键的连接
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