不影响退税。生产企业实行免抵退，外贸企业退进项税额。你说的好像是外贸企业吧！外贸企业退税表有出口明细表和进货明细表，二者有个关联号相联系，一笔出口可对应多份发 票。比如你说的情况，还有多次进货、不同厂家进货等都可一次出口。你申报时，注意进货明细表中同一关联号下多份发 票即可。
