不在一个户口本没关系，公证一下父女关系即可。不会有问题的。试想一想，如果女的出嫁以后，肯定和父亲不是同样的户口，难道就不是父女关系了吗！?
这个简单，带上你的出生证明，加上你父母的结婚证和各自的户口本及身份证，这样就可以证明你们的父女关系了。
在当地的公证处做出生公正和亲属关系公正就可以了
