大明和南明已经是两个概念了。就像北宋和南宋的关系。一般一个国家的统治中央被摧毁了(通常表现为首都被攻陷)，我们就称这个国家灭亡了。1644年大明国破君亡，当然就算灭亡了，之后确有南明，但那也只能算大明亡国之后的事了。
那时候清朝已经入关了！明王朝国都（都城）已经被清兵攻破了，名存实亡了，统治全国的是清朝！南明相当于反抗清朝正统的一些诸侯国势力，算不上是大明王朝的正统历史！！！感谢提问，祝你学习进步！！！！！！！
大明首都是北京，北京沦陷或公认的皇帝死亡算这个朝灭亡，如北元与大元区别，皇帝一样，都城不同（元顺帝算是北元开国皇帝，大元末君）道理一样
因为南明同时存在皇帝不止一个，没有当时被公认的皇帝，和南宋有本质的区别。而且。。南明的各个政权最后都让清朝灭亡了，并没有稳定统治。。
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