我看了一下你的资料，应该还是不错的啊，学校211，平均分90，即便是港科问题好像也不会很大。
PhD和MPhil的话我会建议申请PhD，因为两者本质差距还是挺大的。
我建议你
1、把英语成绩考出来看一下，比标准线高5%-10%就行了
2、重点准备一下曾参加过的科研项目情况，以及你说的软件著作权情况，这些资料会对你的申请有很大的帮助。
我个人来看的话，你准备充分冲一下港科应该是可以的，港大也可以申请（虽然港大最强的是商科，但综合排名非常好，对之后找工作或者再进修有很大帮助），至于理工之类的我觉得没有太大必要吧，你若一定想读，拿来保底。
周围有个同学只是去那里联合培养两年，申请学位就不清楚了。
向你学习。
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